Proprio al centro di questo muro, per segnalarne la peculiarità, si apre la nicchia del mihrab, elemento presente in tutte le moschee antiche e moderne.

Date le piccole dimensioni della costruzione (m 20x11), è plausibile che si tratti di una moschea congregazionale o ‘moschea del venerdì’, dal giorno fissato di riunione di tutti i maschi adulti della comunità per la preghiera solenne.

La Moschea di Segesta si può datare con sicurezza al XII secolo (nel pieno della dominazione normanna) e fu certamente costruita dalla comunità musulmana che si stabilì sulla cima del Monte Barbaro in quell’epoca. A questa stessa comunità si possono anche attribuire alcune abitazioni ed il cimitero di rito musulmano rinvenuto dietro la cavea del teatro.

La Moschea fu distrutta dopo appena un secolo di vita, agli inizi del XIII secolo, in seguito all’arrivo di un signore cristiano che costruì il vicino Castello.